キメラ＝アント編

あらすじ（詳細版）

グリードアイランドをクリアしたゴン＝フリークスとキルア＝ゾルディックが飛んだ先にいたのは、ジンの弟子であるプロハンターのカイトだった。彼らはカイトの生物調査に同行し、暗黒大陸から流れ着いたとされる危険生物「キメラ＝アント」の女王が、人間を捕食し始めた事実を突き止める。他の生物を捕食し、その特徴を次世代に引き継ぐ「摂食交配」の能力により、NGL（ネオ・グリーン・ライフ）自治国に巣食ったキメラ＝アントたちは、人間の知能や悪意、さらには「念能力」までをも身につけ、急速に強大化し軍隊を形成していく。

王直属護衛軍の一人、ネフェルピトーが誕生し、その圧倒的かつ絶望的な力の前にカイトは片腕を切断されてしまう。足手まといになることを悟ったキルアはゴンを気絶させて逃亡し、カイトは一人ピトーの前に散る。カイトを救出するため、ゴンとキルアはビスケット＝クルーガー（ビスケ）の再修行（刺客ナックルやシュートとの決闘）を経て力をつけ、ネテロ会長が招集した討伐隊（モラウ＝マッカーナーシ、ノヴ、ナックル＝バイン、シュート＝マクマホンら）と共に、新たな舞台である東ゴルトー共和国へと潜入する。

一方、キメラ＝アントの王メルエムが誕生し、女王を見捨てて東ゴルトー共和国を武力で制圧。数百万の国民を「選別（念能力者への強制覚醒）」の名のもとに殺戮しようとしていた。絶対的な力と知性を持つ王だったが、暇潰しで始めた盤上競技「軍儀」において、盲目で鼻垂れの少女・コムギと出会う。彼女との対局を通して王の中に「人間への慈愛」や「強さの意味に対する葛藤」が芽生え始め、キメラ＝アントと人間の境界が揺らぎ始める。

そして迎えた討伐決行日。空からネテロ会長とゼノ＝ゾルディックの「龍星群（ドラゴンダイヴ）」が降り注ぎ、討伐隊と護衛軍（ピトー、プフ、ユピー）の各個分断による壮絶な死闘が勃発する。ネテロは王メルエムと一騎打ちを行い、究極の武の結晶である「百式観音」の全てをぶつけるが、王の底知れぬ耐久力と学習能力の前に敗北する。しかし、ネテロは自らの心臓を止めることで最終兵器「貧者の薔薇（ミニチュアローズ）」を起爆させ、王に致命的な毒を感染させることに成功する。

一方ゴンは、カイトがすでに死んでおり、ただの操り人形にされていたという絶望的な真実をピトーから突きつけられる。深い絶望と自己嫌悪の果てに、ゴンは自らの命と念、そして未来のすべてを投げ打つ「誓約と制約」により、ピトーを倒すためだけに異常な肉体成長（ゴンさん）を遂げ、ピトーの頭部を粉砕し惨殺する。

貧者の薔薇の毒によって余命わずかとなったメルエムは、護衛軍たちの献身により一時的に復活するものの、自身の死を悟る。彼は最期の時間をコムギとの軍儀に費やし、暗闇の中で互いに名前を呼び合いながら、彼女の腕の中で静かに息を引き取る。人類は辛くも勝利を収めたが、ゴンは危篤状態に陥り、討伐隊にも深く重い傷跡が残された。