ハンター試験編
あらすじ（概要版）
くじら島で育った自然児・ゴン＝フリークスは、幼い頃に別れた父親ジン＝フリークスが優秀なプロハンターであることを知り、自らもハンターになる決意を固める。育ての親であるミトとの「沼の主を釣り上げる」という約束を果たしたゴン＝フリークスは、第287期ハンター試験へと旅立つ。 道中の船や会場までの道のりを通して、医師を志すレオリオ＝パラディナイト、幻影旅団への復讐に燃えるクルタ族の生き残りクラピカと出会い、3人は協力して最初の難関を突破していく。
地下深くの試験会場「ザバン市」に到着した彼らは、新人潰しのトンパや、不気味で圧倒的な殺気を放つ奇術師ヒソカ＝モロウ、ピン刺し男ギタラクルなど、一筋縄ではいかない強豪受験生たちと対峙する。さらに、ゴン＝フリークスと同い年である暗殺一家の少年キルア＝ゾルディックとも出会い、2人はすぐに意気投合する。
第1次試験（ヌメーレ湿原でのマラソン）ではヒソカ＝モロウによる試験官ごっこという名の殺戮を切り抜け、第2次試験（ビスカ森林公園での料理テスト）では審査員メンチの暴走によってネテロ会長が直々に介入する事態に発展する。 第3次試験（トリックタワー）では、ゴン＝フリークス、キルア＝ゾルディック、クラピカ、レオリオ＝パラディナイト、そしてトンパの5人がチームとなり、多数決の道や超長期刑囚たちとの変則マッチに挑む。クラピカは旅団の偽物を圧倒し、キルア＝ゾルディックは暗殺者としての本性を垣間見せ、それぞれの機転と実力で塔を突破する。
第4次試験（ゼビル島）では、受験生同士でのナンバープレート奪い合いのサバイバルが行われる。ゴン＝フリークスはヒソカ＝モロウをターゲットにし、絶の修行をしながら決死の覚悟でヒソカ＝モロウのプレートを奪うことに成功する。直後に別の受験生から毒矢を受けて倒れるも、ヒソカ＝モロウに命を救われ（借りを返され）、屈辱を味わいながらも合格条件を満たす。
最終試験はネテロ考案の1対1の変則トーナメント。相手を殺せば即失格となるルールの中で、ゴン＝フリークスは忍者ハンゾーと対戦する。実力では圧倒され腕を折られるも、決して「参った」と言わない狂気的なまでの頑固さでハンゾーに降参を認めさせ、合格をもぎ取る。 一方でキルア＝ゾルディックは、対戦相手として現れた実の兄イルミ＝ゾルディック（ギタラクルの正体）による精神的な洗礼を受け、暗殺者としての呪縛から戦意を喪失してしまう。その直後、別の対戦相手ボドロを突発的に殺害してしまい、キルア＝ゾルディック一人が失格となる結末を迎えた。